目的：效率是关系医疗保障制度持久运行的关键因素。通过测算2020—2021年我国31个省份城镇职工基本医疗保险制度运行的效率现状，发现可能存在的问题，为提高制度运行效率提供参考建议。方法：运用基于非期望产出的超效率SBM模型和Malmquist指数测算我国31个省份职工医保的静态效率、动态效率，并采用Tobit回归分析其影响因素。结果：2020—2021年全国职工医保运行整体综合效率均值分别为0.826、0.827，东部地区职工医保运行效率显著高于中、西部地区，超过60%的省份职工医保运行效率值小于1。职工医保运行的全要素生产率整体有所下降，技术进步效率的下降是制约的主要因素。经济发展水平的提高对职工医保运行效率有显著的促进作用，人口老龄化程度的加深对其有显著的抑制作用。结论：我国职工医保运行效率仍有待改进，不同区域之间存在明显的效率差距，因此，应加大对于中、西部地区的投入和重视，努力弥合区域差距，促进医保公平发展；技术进步效率的下降是制约职工医保全要素生产率提升的主要因素，应不断加大制度改革力度，实现生产前沿面前移；此外，还应重视经济发展对于职工医保运行效率的驱动作用，制定积极的人口老龄化应对政策。