目的：从新质生产力视角下探究我国医学科研机构生产要素协同配置现状，梳理现有政策的侧重点及其不足，为医学科研机构的生产要素优化及其形成新质生产力提供参考借鉴。方法：基于生产力二要素理论构建指标评价体系，运用复合系统协同度模型分析生产要素的有序度及复合系统协同度，探究各序参量协同度变化；借鉴卫生系统宏观模型，并结合内容分析法对促进提升医学科研机构创新主体各生产要素能力的政策进行频数统计。结果：医学科研机构生产要素的有序度和复合系统的协同度呈现不协同发展趋势，2021年协同水平最差；人员数、机构数、房屋建筑面积生产要素序参量协同度较弱，处于不协同发展状态。在43份政策文本中，内部子模政策工具使用较多，外部子模政策工具使用较少，内外部政策工具使用不平衡。结论：人员数、机构数、房屋建筑面积生产要素配置制约医学科研机构子系统的协同发展。建议增加对医学科研机构创新型人才培养、完善新型机构建设、统筹布局大科学装置及其功能性房屋；出台针对性的系统规划，完善生产要素市场，夯实未来发展的技术基础。