目的：对2013—2022年宁夏乡镇卫生院运行效率和全要素生产率的动态变化进行分析，为进一步提高宁夏乡镇卫生院的运行效率提供决策依据。方法：以宁夏各县（市、区）为决策单元，采用数据包络分析法的BCC模型和Malmquist生产率指数模型分析宁夏各县（市、区）乡镇卫生院运行效率和全要素生产率。结果：（1）2013—2022年宁夏乡镇卫生院人员投入增加了45.80%，门诊人次数无明显增加，住院人数降低了45.40%。（2）宁夏乡镇卫生院投入产出的综合技术效率平均值为0.658，纯技术效率和规模效率的平均值分别为0.747和0.880。（3）7个县（市、区）全要素生产率指数均值大于1，其他15个县（市、区）均小于1。结论：宁夏乡镇卫生院长期运行效率低下，应提升各县（市、区）乡镇卫生院的资源配置与管理能力，加大政策支持力度对于提高乡镇卫生院运行效率意义重大。