目的：为推动市级公立医院高质量发展补偿机制方案提出对策建议。方法：以上海市市级公立医院为研究对象，从财政补贴、医疗收入结构、科教投入、其他社会补偿四方面入手，采用系统动力学模型对不同政策干预方案下上海市市级公立医院的运行情况进行了系统仿真模拟。结果：若保持现有条件不变，上海市市级公立医院将于2032年开始出现收不抵支，检查化验收入占比与卫生材料收入占比于2026年、2031年分别反超医疗服务收入占比；若按组合方案3、4、5中的任意一种，2023—2033年上海市市级公立医院均可自负盈亏，医疗服务收入结构明显得到优化。结论：为建立提升医疗服务的医院高质量发展补偿新机制，建议优化政府财政补偿结构、分类探索合理定价方式、提升科教投入与重视科技成果转化、拓展公立医院补偿途径并健全法律法规。